Le musée a été créé en 1887 grâce à un don d'un notable morlaisien, le comte Ange de Guernesac. Les collections se sont constituées à partir d'achats dans les salons de peinture, de dépôts de l'Etat et de divers dons. Le dépôt du produit des fouilles effectuées par Edmond Puyo- sur le site de Bagatelle vers 1880 - vient enrichir le fonds. Depuis le milieu des années 1970, le musée connaît un nouvel essor avec des collections d'orfèvrerie morlaisienne et des collections d'art contemporain.