Le fonds est composé de dons de diverses collections : collections archéologiques et minéralogiques régionales (préhistoire, gallo-romain, mérovingien), collections historiques (Buffon, Daubenton) et collection de beaux-arts (fonds Eugène Guillaume). D'importants pillages sont survenus pendant la deuxième guerre mondiale. En 1968, la collection Butheau est installée dans le musée. Dès 1991, une importante politique d'acquisition est mise en place autour du thème de Buffon, poursuivie activement depuis cette date.